Über den ganzen Park verteilt gibt es zahlreiche Höhlen und falls Sie diese auf eigene Faust erkunden wollen, sollten Sie auf jeden Fall eine starke Taschen- oder Helmlampe dabei haben. Eine der schönsten Höhlen ist die Dao Wadung Höhle rund 6 km vom Besucherzentrum entfernt. Hin kommen Sie nur per Longtail-Boot und einem anschließenden Spaziergang von 1,5 km. Die Höhle verfügt über 8 verschiedene Kammern und zum Sonnenuntergang können Sie hier beobachten, wie Tausende Fledermäuse sich aus der Dunkelheit auf die Nahrungssuche begeben.
Die Lawa Höhle liegt auf der Westseite des Kwae Noi und kann ebenfalls mit dem Boot am besten erreicht werden. Obwohl der Eingang zur Höhle winzig und unscheinbar wirkt, öffnet sie sich nach wenigen Metern und wird zu riesigen Kammern mit imposanten Tropfsteingebilden.
Die Wang Badan Höhle liegt theoretisch schon einen halben Kilometer tief im an den Sai Yok Nationalpark angrenzenden Erawan Park, ist aber aufgrund der Nähe zum Sai Yok Noi Wasserfall ein beliebtes Ausflugsziel. Ein rund drei Kilometer langer Wanderweg führt zu der Höhle, die in ihrer letzten Kammer einen kleinen Fluss verbirgt.
Die Kang Kao Höhle, nur zwei Kilometer vom Besucherzentrum entfernt, ist Heimat für eines der kleinsten Säugetiere der Welt: die Schweinsnasenfledermaus. Mit einer Spannweite von gerade einmal 10 cm und federleichten 2 Gramm Körpergewicht ist dieser Winzling extrem selten.
